Question

почему нельзя считать в наше время однокоренными слова конь, конюх, конюшня и коньки, конькобежец

Answer 1

потому что это разные значения.
и конь конюх конюшня это то что относится к лошади ,а стальное к спорту.

Answer 2

Они имеют разные значения, а в однокоренных значения похожи.