Question

как проверить слово колышется

Answer 1

Cтавим в начальную форму "колыхаться", глагол относится к 1 спряжению (т. к. оканчивается на -ать) , поэтому в окончании буква -Е 

Answer 2

Начальная форма "колыхаться", 1 спряжение (оканчивается на -ать) ,
Значит в окончании буква -Е