Question

почему у слов черновик, стыд и обида в первом абзаце текста разные окончания?

Answer 1

У них разные окончания потому, что они стоят в разных падежах.

Answer 2

в черновикЕ-окончание существительного 2 склонения в Предложном падеже
от стыдА-окончание существительного 2 склонения в Родительном падеже
(от) обидЫ-окончание существительного 1 склонения в Родительном падеже