Question

жи ши пиши с буквой И, тогда как объяснить ЖЕмчуг

Answer 1

Тут ударение на Е падает

Answer 2

Подобное правило не распространяется на слова, пришедшие из других языков. Данное слово в некоторых словарях происходит от китайск. zhēnzhū. Тут видно, что пишется через е.

Придерживаться этого правила на всех словах — глупо. Вы же не напишете слово "жюри" как "жири" или даже тот же "жёлудь" как "жилудь".