Question

многие деревни и села в России имеют название " горки" они действительно были на горе?

Answer 1

Не обязательно. Они могут быть расположены на высоком берегу реки, или на холме, или вообще на островке.  Такие значения  слова "горка" зафиксированы в  русских словарях и книгах, начиная с 16 века.