Question

Грамматическая основа предложения:
Здесь пахнет затхлостью, нежилью.

Answer 1

пахнет-сказуемое(двумя чертами) тут нет подлежащего!

Answer 2

Пахнет - тремя чертами.
Потому - что предложение одно составное.
Пахнет - это глагол и как мы знаем глагол может быть сказуемым в отличие от других частей речи в предложении.