Question

Объясните почему вы там поставили запятые: Облака над морем потемнели, и повеяло прохладой.

Answer 1

потому что это предложение сложное и в этом предложении находится 2 сказуемых  а если 2 сказуемых то тогда нужно перед союзом отделять запятой вот и отделили запятой 

Answer 2

Потому что запятая отделяет основы. Облака - подлежащее, Потемнели - Сказуемое. Повеяло - Сказуемое, вторая основа, которая не относится к первой.