Question

как изменится природная экосистема в случае выпадения одного из его элементов

Answer 1

Если это живой организм, то выпадение его как вида приведет к, во-первых, снижению численности того вида, который использует первого в качестве пищи, и увеличению численности второго вида, который сам используется выпавшим как пища. Из-за этого начнется колебание и других видов. 
К примеру, возьмем обычное поле и представим, что обычная полевая мышь как вид исчезла.
Тогда возрастет количество употребляемых мышью в пищу злаковых растений, они будут занимать больший ареал, составят большую конкуренцию другим растениям и могут конкурентно их вытеснить. 
С другой стороны, снизится численность лис, сов, куниц, хорьков. Они больше не смогут питаться полёвками, у них повысится уровень межвидовой конкуренции, какой-то из этих видов может вообще исчезнуть.

Или, допустим, в поле с высокой травой исчезнет эта самая высокая трава. Травоядным животным станет на порядок сложнее питаться. Но при этом плотоядным станет намного сложнее выслеживать добычу, оставаясь незаметными, им будет не спрятаться среди высокой травы. 

Короче говоря, выпадение звена из экосистемы принесет колебание в пищевые цепи этой экосистемы. Одни виды возрастут в количестве, другие упадут. Если рассматривать выпадение звена в долгосрочной перспективе, то ухудшившиеся или ухудшавшиеся медленно но верно условия для определенных видов животных могут заставить их адаптироваться к новому порядку; если говорить о миллионах лет -- это может и скорее всего приведет к образованию нового вида. Пример: когда опредленные бактерии научились фотосинтезировать и насыщать атмосферу кислородом, большинство других организмов вымерло, а те, кто смог приспособиться, научились пользоваться кислородом, чтобы сжигать питательные вещества и получать колоссальные количества энергии.