Question

почему эндобионты, обитающие в организме хозяина, могут быть и вредными паразитами, и полезными симбионтами?

Answer 1

Такие взаимоотношения между симбионтами успешны в том случае, если они приносят пользу всем участникам процесса и повышают их шансы на выживание. В том случае, если симбиоз приносит пользу одному из «сожителей» и вредит другому, говорят о паразитизме. Например, блохи используют собаку как источник питания, поэтому они являются паразитами. 
А если ответить на вопрос "почему?" то так заложено природой