Question

в коробке лежали конфеты.какой падеж?

Answer 1

Винительный Падеж. 
  В - предлог В.п. 

Answer 2

В коробке лежали конфеты.
Падеж у "конфеты":
Конфеты-это И.п (что?),так как оно является подлежащим. 
Падеж у "в коробке":
В коробке-это П.п (в чем?),второстепенный член предложения.