Question

"Во-первых, хотелось квартиру особенную, не от жильцов, а во-вторых, хоть одну комнату, но непременно большую."

- Почему после "квартиру особенную" должно стоять запятая?

Answer 1

Создаётся акцент на деталях, уточняется прилагательное «особенную»
какую именно особенную квартиру? — не от жильцов

Answer 2

это ставится интанационно
слово во первых это вводное слово(это слово которыю говорит читающий к высказываемой мысли)
слово "не от жильцов " - уточняющее определение
квартиру( КАКУЮ?)особенную , (КАКУЮ?) не от жильцов
(это проходят в конце 7 , вначале 8 класса)
надеюсь понятно ! ;)