Question

почему Витте ушёл в отставку?

Answer 1

потому что  министром внутренних дел был Плеве, и у Витте с ним были несогласия в  политике по положению крестьянства и из-за этого авторитет Витте снизился.

Answer 2

Были разногласия с Плеве на счёт положения  крестьянства и из-за этого авторитет Витте снизился.