Question

Дядя Яков любовно настраивал гитару, а настроив, говорил одни и те же слова. Какое подлежащее? Точно не дядя Яков, а какое-то одно слово либо дядя, либо Яков (одно подлежащее, другое приложение).

Answer 1

Давайте определим, что является приложением.

Приложение обычно указывает на качество, свойство, национальность, возраст, профессию, социальное положение, родственные связи предмета.  

Т.е. приложение- это слово дядя,определение. Значит подлежащее-Яков.