Question

come ... or we will be late​

Answer 1

come on будет, если читать это предложение как "Давай быстрее, или мы сейчас опоздаем"

come in будет, если перевести как "Заходите скорее, или мы опоздаем (например, на лекцию)".

лично я склоняюсь к первому.

смотрите, какой вариант больше подходит по смыслу.