Question

hasn't he woken up yet? Почему в present perfect стоит​

Answer 1

Yet - это маркер времени present perfect. Переводится как «ещё (ещё не)». Указывает на связь с настоящим (“Он ещё не проснулся” - к настоящему моменту он все ещё спит).
Всегда стоит в конце вопросительного и отрицательного предложения.