Question

почему М.Горький считал считал поэму облако в штанах богоборческой?

Answer 1

потому что Маяковский разочаровывался в нравственной силе религии. Антирелигиозный пафос в поэме был резко вызывающим, он отталкивал одних и притягивал других. Горького как раз "поразила в поэме богоборческая струя".  
«Он цитировал стихи из "Облака в штанах" и говорил, что такого разговора с богом он никогда не читал...и что господу богу от Маяковского здорово влетело»

Я думал – ты всесильный божище,
а ты недоучка, крохотный божик.